1991年前，云南咖啡主要栽培铁皮卡（Typica）和波邦（Bourbon）这两个经典的优质咖啡品种，之后又从肯尼亚引入了卡帝莫（Catimor）系列品种（抗病毒能力更强，产量更高）。属阿拉比卡种（又称小粒种）的变种。由于这两个品种形态和习性相似，因而两者多混合栽培。 云南地区目前种植最广泛的就是卡蒂姆（catimor），保山地区还有少量铁皮卡（typica），波邦（bourbon）种植。虽然从大的范围上都属于阿拉比卡种，但这几个品种在本质上还是有着很大的区别的。 铁皮卡（typica）：最经典的优质阿拉比卡种，目前很多商业改良种都源自此种。味道表现极佳，是公认的精品咖啡品种，但是产量极低而且易受锈蚀病的侵蚀，需要投入更多的人力管理。铁皮卡咖啡原产于埃塞俄比亚及苏丹的东南部，是西半球栽培最广的咖啡变种。植株较健壮，但不耐光照，在夏威夷产量较高。铁皮卡顶叶为红铜色，称红顶咖啡。 波邦（bourbon）：该品种源自铁皮卡，由法国人于1708年在波邦岛（现名留尼汪岛）种植后扩展开来。波邦同样有着美好的香气和丰富的味道，较之铁皮卡在产量和生长力上都要高一些，适合种植在1200——2000米的地区，但是抗病虫能力较弱，而且对强风和强降水比较敏感。波邦咖啡是小粒咖啡中仅次于铁皮卡的变种。主枝最初和主干呈45度向上生长，随果实负荷下垂，侧枝节部较密，结果多，产量较高。但浆果较小，成熟较慢。 波邦顶芽嫩叶为绿色，称绿顶咖啡。 卡帝莫（catimor）：卡帝莫并不是纯粹的阿拉比卡血统，它是Timor种（属于罗伯斯塔种）和caturra（波邦种的变种）的杂交种，所以卡蒂姆（catimor）有着25%的罗伯斯塔血统，而它的罗伯斯塔血统也决定了它的味道缺陷：香气不够丰富，而且整体味道苦味重，易出现涩味和比较刺激的霉味。 云南普洱地区种植的全部是卡蒂姆（catimor）品种，保山市早在上世纪50年代引入的是铁皮卡（typica）和波邦（bourbon），当地人称之为“老品种”，因为老品种抗病虫能力及产量都比较低，而且管理上比较费人力，加之市场收购价并不存在多少优势，近年来啡农纷纷改种新品种卡蒂姆（catimor）。从咖啡的植物学角度来讲，云南小粒咖啡和公认最优秀的牙买加蓝山(Jamaica Blue Mountain)、夏威夷可那(Kona)有基因上的相近性。
